किन्नर अखाड़ा का उद्देश्य ट्रांसजेंडर लोगों को आध्यात्मिक सम्मान वापस दिलाकर, हिंदू धर्म में पारंपरिक पितृसत्ता के अंदर सबको साथ लेकर चलने को बढ़ावा देना एवं उन्हें मज़बूत बनाना है।